Une équipe du Laboratoire de Génomique des Pathogènes de l’Institut National de Recherche Biomédicale a effectué une mission à Kampala (Ouganda) du 5 Au 9 Décembre 2022 pour renforcer les capacités des techniciens de laboratoire et bio-informaticiens du Central of Public Health Laboratories (CPHL) sur le séquençage du génome complet du virus Ebola Soudan à l’aide de la plateforme Nanopore. Cette formation a été financée par Africa CDC-Pathogen Genomics Initiative (PGI) et African Society for Laboratory Medicine (ASLM).
Les fièvres hémorragiques virales constituent une menace pour la santé publique dans le monde entier, elles comprennent un certain nombre de maladies graves, et pouvant être mortelles, causées par des virus tels que Ebola et autres.
Depuis le 20 septembre 2022, l’Ouganda a déclaré une épidémie d’Ebola après la confirmation d’un cas d’Ebola virus dans la partie centrale du pays. Fin Novembre, le pays avait confirmé 142 cas, dont 86 guéris et 56 morts, soit un taux de létalité d’environ 40 %. Alors que le pays s’efforce de maîtriser totalement l’épidémie, la surveillance génomique fait partie des interventions prévues pour soutenir et suivre l’évolution du virus, identifier les chaînes de transmission et rechercher l’origine de l’épidémie.
C’est dans ce cadre que le Central of Public Health Laboratories (CPHL), avec le soutien de Africa CDC au travers de Pathogen Genomics Initiative (PGI), a demandé l’appui technique de l’Institut National de Recherche Biomédicale (INRB) par le biais de son Laboratoire de Génomique des Pathogènes (LGP) afin de renforcer la capacité génomique du personnel du CPHL à séquencer le virus Ebola du Soudan et à soutenir les activités de réponse à l’épidémie en Ouganda.
Le Laboratoire de Génomique des Pathogènes effectue une surveillance génomique des agents pathogènes émergents et réémergents ayant un fort impact sur la santé publique. Ce laboratoire joue un rôle central dans la réponse à diverses urgences de santé publique en République Démocratique du Congo et dans la région d’Afrique centrale ainsi que dans d’autres pays africains.
La formation a duré 5 jours et a consisté à former des techniciens de laboratoire à l’application en laboratoire humide des techniques de génomique pour séquencer le virus Ebola sur les plateformes disponibles dans le pays, former les bio-informaticiens de laboratoire à l’analyse, à l’interprétation et au partage des données de séquençage, l’interprétation et le partage des données de séquençage et enfin faire une démonstration de la mise en place d’un laboratoire mobile de séquençage mobile sur le terrain.
La plateforme Oxford Nanopore Technology (ONT) a été sélectionnée pour les activités de séquençage dans le cadre de ce soutien technique à l’équipe du Central Public Health Laboratories (CPHL).
Par ailleurs, les activités de séquençage ont été également faites avec la plateforme Illumina pour permettre non seulement de comparer les résultats obtenus mais aussi d’offrir à l’équipe locale la possibilité d’utiliser les deux plateformes (Nanopore et Illumina) pour le séquençage d’Ebola comme pour d’autres pathogènes pour lesquels le CPHL concentre ses efforts. Pour les échantillons séquencés sur ONT, le protocole GunIT a été utilisé avec les amorces SUDV-1000 et le DNA Prep. les mêmes échantillons ont été utilisés pour les deux plateformes.
Les analyses bio-informatiques pour la plateforme ONT ont été réalisées avec le pipeline artic-wrapper et Ivar pour la plateforme Illumina. Au total, 39 des 58 échantillons séquencés avec la plateforme Nanopore avaient une couverture supérieure à 80%. Ces résultats ont conduit à conclure que les équipes avaient détecté le génome complet d’Ebola Soudan.
Après 4 jours de formation au laboratoire, l’équipe de Laboratoire de Génomique des Pathogènes de Kinshasa, celle du Central of Public Health Laboratories (CPHL) d’Ouganda et celle de Africa CDC ont effectué une descente à 148,8 kilomètres de Kampala, à l’hôpital régional de référence de Mubende (MRRH) qui est l’unité de traitement d’Ebola (ETU) afin de tester le déploiement du laboratoire mobile apporté depuis Kinshasa en République Démocratique du Congo avec quelques consommables par l’équipe de l’INRB. Cet exercice a permis au laboratoire local de se faire une idée sur l’importance des activités de séquençage au terrain et comment procéder au déploiement.