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Renforcement des capacités sur le séquençage du génome entier du virus Ebola Soudan en Ouganda

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Une équipe du Laboratoire de Génomique des Pathogènes de l’Institut National de Recherche Biomédicale a effectué une mission à Kampala (Ouganda) du 5 Au 9 Décembre 2022 pour renforcer les capacités des techniciens de laboratoire et bio-informaticiens du Central of Public Health Laboratories (CPHL) sur le séquençage du génome complet du virus Ebola Soudan à l’aide de la plateforme Nanopore. Cette formation a été financée par Africa CDC-Pathogen Genomics Initiative (PGI) et African Society for Laboratory Medicine (ASLM).

Les fièvres hémorragiques virales constituent une menace pour la santé publique dans le monde entier, elles comprennent un certain nombre de maladies graves, et pouvant être mortelles, causées par des virus tels que Ebola et autres. 

Depuis le 20 septembre 2022, l’Ouganda a déclaré une épidémie d’Ebola après la confirmation d’un cas d’Ebola virus dans la partie centrale du pays. Fin Novembre, le pays avait confirmé 142 cas, dont 86 guéris et 56 morts, soit un taux de létalité d’environ 40 %. Alors que le pays s’efforce de maîtriser totalement l’épidémie, la surveillance génomique fait partie des interventions prévues pour soutenir et suivre l’évolution du virus, identifier les chaînes de transmission et rechercher l’origine de l’épidémie.

C’est dans ce cadre que le Central of Public Health Laboratories (CPHL), avec le soutien de Africa CDC au travers de Pathogen Genomics Initiative (PGI), a demandé l’appui technique de l’Institut National de Recherche Biomédicale (INRB) par le biais de son Laboratoire de Génomique des Pathogènes (LGP) afin de renforcer la capacité génomique du personnel du CPHL à séquencer le virus Ebola du Soudan et à soutenir les activités de réponse à l’épidémie en Ouganda. 

Le Laboratoire de Génomique des Pathogènes effectue une surveillance génomique des agents pathogènes émergents et réémergents ayant un fort impact sur la santé publique. Ce laboratoire joue un rôle central dans la réponse à diverses urgences de santé publique en République Démocratique du Congo et dans la région d’Afrique centrale ainsi que dans d’autres pays africains.

La formation a duré 5 jours et a consisté à former des techniciens de laboratoire à l’application en laboratoire humide des techniques de génomique pour séquencer le virus Ebola sur les plateformes disponibles dans le pays, former les bio-informaticiens de laboratoire à l’analyse, à l’interprétation et au partage des données de séquençage, l’interprétation et le partage des données de séquençage et enfin faire une démonstration de la mise en place d’un laboratoire mobile de séquençage mobile sur le terrain. 

La plateforme Oxford Nanopore Technology (ONT) a été sélectionnée pour les activités de séquençage dans le cadre de ce soutien technique à l’équipe du Central Public Health Laboratories (CPHL).  

Par ailleurs,   les activités de séquençage ont été également faites avec la plateforme Illumina pour permettre non seulement de comparer les résultats obtenus mais aussi d’offrir  à l’équipe locale la possibilité d’utiliser les deux plateformes (Nanopore et Illumina) pour le séquençage d’Ebola comme pour d’autres pathogènes pour lesquels le CPHL concentre ses efforts. Pour les échantillons séquencés sur ONT, le protocole GunIT a été utilisé avec les amorces SUDV-1000 et le DNA Prep. les mêmes échantillons ont été utilisés pour les deux plateformes. 

Les analyses bio-informatiques pour la plateforme ONT ont été réalisées avec le pipeline artic-wrapper et Ivar pour la plateforme Illumina. Au total, 39 des 58 échantillons séquencés avec la plateforme Nanopore avaient une couverture supérieure à 80%. Ces résultats ont conduit à conclure que les   équipes avaient détecté le génome complet d’Ebola Soudan.

Après 4 jours de formation au laboratoire, l’équipe de Laboratoire de Génomique des Pathogènes de Kinshasa, celle du Central of Public Health Laboratories (CPHL) d’Ouganda et celle de Africa CDC ont effectué une descente à 148,8 kilomètres de Kampala, à l’hôpital régional de référence de Mubende (MRRH) qui est l’unité de traitement d’Ebola (ETU) afin de tester le déploiement du laboratoire mobile apporté depuis Kinshasa en République Démocratique du Congo avec quelques consommables par l’équipe de l’INRB. Cet exercice a permis au laboratoire local de se faire une idée sur l’importance des activités de séquençage au terrain et comment procéder au déploiement. 

Etudes et formations

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Sous la supervision du Professeur Placide Mbala, chef du Département d’Epidémiologie à l’INRB, un groupe des jeunes chercheurs Congolais participent depuis le mois de mai à une formation sur les maladies émergentes et réémergentes. D’autres membres de ce département effectuent actuellement plusieurs travaux de recherche en rapport avec la vaccination, la surveillance environnementale et la surveillance de la dynamique des anticorps de la Covid-19.

Un groupe de jeunes chercheurs congolais, membres du Département d’Epidémiologie de l’Institut National de Recherche Biomédicale (INRB), est en cours de formation sur les maladies émergentes et réémergentes à Kimpese et à Lubumbashi dans le cadre du partenariat entre l’INRB et l’Institut de Médecine Tropicale d’Anvers (IMT)

Trois de ces chercheurs dont un biostatisticien, un data manager et un coordonnateur d’études ont bénéficié d’une bourse de l’IMT Anvers et séjournent actuellement en Belgique où ils sont en formation d’une année au centre de recherche clinique de l’IMT Anvers.

D’autres membres de ce département réalisent des travaux de recherche sur la surveillance de la dynamique des anticorps de la Covid-19 chez les prestataires de soins et les membres de leurs familles dans la ville province de Kinshasa.

Les sites choisis pour réaliser le 5ème round de cette étude sont les zones de santé de Limete, Lemba, Lingwala, Ndjili et Bandalungwa. Selon le Professeur Placide Mbala, chef du Département d’Epidémiologie à l’INRB, la prévalence chez les prestataires lors de précédents rounds varie entre 15 à 18%; les recherches sont en cours pour les membres de leurs ménages.

L’étude de Surveillance des eaux usées dans les hôpitaux qui ont pris en charge les personnes affectées par la covid-19 se poursuit dans la ville province de Kinshasa. La partie prospective de cette recherche a eu lieu dans les sites des hôpitaux des Cliniques Universitaires, Clinique Ngaliema et à l’Hôpital du Cinquantenaire du Congo.  

D’autre part, deux nouvelles études ont été mis en place, il s’agit d’une étude sur la Surveillance génomique du SARS CoV-2 avec comme objectif de suivre la distribution de différents variants de SARS CoV-2 chez les personnes atteintes de la Covid-19 en République Démocratique du Congo et d’une autre étude  appelée FIVAC pour évaluer les facteurs qui influencent la vaccination de routine et la vaccination contre les épidémies à Kinshasa, au Kongo Central, dans le kwilu et le kwango. Cette recherche a pour but de comparer ces facteurs dans deux provinces fortement et faiblement touchées par la pandémie à coronavirus en RDC.  Le Département d’épidémiologie est en attente des autorisations nécessaires pour les travaux de terrain.

 

Vaccination contre le coronavirus en RDC

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Le Professeur Jean-Jacques Muyembe a reçu sa première dose de vaccin AstraZeneca ce vendredi 17 Septembre 2021 à l'INRB

Accompagné de ses collaborateurs, le Coordonnateur du Secrétariat Technique de la riposte contre la Covid-19 en RDC a saisi cette occasion pour encourager la population congolaise à se faire vacciner en masse en vue de se protéger et protéger les autres contre la pandémie à Coronavirus.

Cérémonie d’approbation du MAB 114 (Ebanga)

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La cérémonie d’approbation du MAB 114 (Ebanga) a eu lieu ce jeudi 16 septembre 2021 dans l’amphithéâtre de l’Institut National de Recherche Biomédicale (INRB). Toute la procédure qui a abouti à la production de ce médicament a été examinée et approuvée par l’Agence Américaine des Médicaments.

 

Inventé par le professeur Jean-Jacques Muyembe, Directeur Général de l’INRB, ce médicament spécifique pour le traitement de la maladie à Virus Ebola est le résultat des longues années de recherches et d’une étroite collaboration entre l’INRB et la NIH. 

 

Les personnalités telles que le gouverneur de la Ville Province de Kinshasa, les sénateurs et députés nationaux, l’Ambassadeur des USA en RDC, le Ministre de la Recherche Scientifique et le Ministre de l’Enseignement Supérieur et Universitaire étaient présentes à cette manifestation.

 

Le prestigieux prix David Sackett pour l’étude PALM sacrée meilleur essai clinique pour l’année 2019 a été remis au Professeur Jean-Jacques Muyembe par le Ministre de la Recherche Scientifique au cours de cette célébration.

 

Point de presse Hebdomadaire sur l'évolution de la lutte contre la Covid-19 en RDC

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Tous les mercredis à 11h30, l'équipe de la riposte contre la Covid-19 tient un point de presse sur l'évolution de la lutte contre cette pandémie en RDC avec comme orateur principal, le Professeur Jean-Jacques Muyembe, Coordonnateur du Secrétariat Technique de la riposte contre la Covid-19 en RDC. Ce point de presse hebdomadaire est organisé par la commission communication  et engagement communautaire.

L’INRB a été inauguré le 08 décembre 1984 par le Président François Mittérand et le Premier Commissaire d’Etat Kengo wa Dondo. Il est donc le fruit de la coopération franco-congolaise. Il est pour nous le symbole de durabilité d’un projet de coopération qui, après le départ des coopérants, connait un rayonnement national et international.

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